Анатолий Прокопьев начал свою трудовую деятельность в ноябре 1982 года заведующим ремонтными мастерскими колхоза им. Чапаева Боханского района. Значительная часть его трудовой биографии связана с Иркутским районом. Анатолий Андриянович в течение двух лет с 1998 по 2000 годы возглавлял Максимовскую сельскую администрацию Иркутского района, был директором Иркутского совхоз техникума. С 2002 по 2003 год работал заместителем главы администрации Иркутского района, начальником департамента сельского хозяйства. С 2007 года, в течение пяти лет, возглавлял Думу Иркутского района. В 2012 году назначен министром сельского хозяйства Иркутской области. В настоящее время Анатолий Андриянович занимает должность заместителя губернатора – руководителя администрации Усть-Ордынского Бурятского округа.

За вклад в развитие Иркутской области Анатолий Андриянович награжден почетными грамотами губернатора Иркутской области и Законодательного Собрания Иркутской области, благодарностью министра сельского хозяйства РФ, орденом «Полярная звезда» Монгольской Народной Республики.